一、主体资格的不同
劳动合同的主体包括用人单位和劳动者。用人单位是指中华人民共和国境内的企业及个体经济组织。在劳动合同中，劳动者与用人单位提供的生产资料相结合，从而实现劳动的社会化，而且劳动者已经成为该经济组织中的一员，他与用人单位具有身份上的从属性和依附性，这也是其与项目合作协议最大区别之所在。企业法律顾问 认为在项目合作协议中，其主体并不具有上述的限制，项目合作协议的主体之间的法律地位完全平等，相互独立，不具有身份上的隶属性和依附性。
二、国家干预力度不同
劳动合同的建立虽然也体现了当事人的合意性，但它更强调国家意志的主体地位。为了规范劳动合同双方的权利和义务，国家的干预贯穿于劳动合同履行的始终。而在项目合作协议中，主体双方是完全平等的 ，法律咨询在线 律师提醒，在合同的签订、变更、解除的过程中以当事人的意思表示为主，国家基本不做干预。
三、争议的处理方式不同。
因劳动合同发生争议的处理受《劳动法》的调整，而且其处理的程序是仲裁前置，即对于劳动争议须经过劳动争议仲裁委员会的仲裁，对仲裁不服的当事人方可起诉。而在项目合作协议中发生的争议则主要由《民法总则》、《合同法》进行调整，发生纠纷后当事人可直接诉诸于法院，而勿需受仲裁前置之限。
四、合同当事人双方的权利、义务不同。
在劳动合同中，劳动法律关系的存在具有相对的稳定性，用人单位负有为劳动者交纳养老保险、医疗保险、失业保险等社会保险的义务;而在项目合作协议中，其稳定性较差，合作方也没有为另一方缴纳社会保险的义务，也无需为另一方交纳社会保险。
而且，一般在劳动合同中无需约定违约责任。而在项目合作协议 中，约定违约责任属于较为重要的合同内容。
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