树类、旱生草类、土石类、珍宝类、水类、火类、果实类、动物类
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《协据》中分为珍宝类、土类、石类、树类、汁液精华类、湿生草类、旱生草类、动物类等8类。盐碱类药物包含在土类药物之中。没有分作物类、水类、火类药物。各类药物又分成小类。珍宝类、土类、石类药物逐种论述。树类药物分根、茎、干、枝、髓、皮、树脂、叶、花、果等10类。汁液类药物来自草、木、动物药物。湿生草类分为根、蒂、叶、花、果5类。旱生草类药物未分小类，论述时合在一起论述。动物药分为角、骨、肉、肝、胆、脂、脑、皮、爪、毛、粪、尿、昆虫、卵蛋等13类。
《宝堆》中分为树类、旱生草类、土石类、珍宝类、水类、火类、果实类、动物类等8类。每类又分成小类。树类药物分为果、花、叶、花丝、皮、根、干、树脂等8类。旱生草类药物分为根、茎、叶、花、果5类。土石类药物分为色、味、炮制等6类。珍宝药物分为23种，归并为君药5种、臣药5种、佐药5种、珍宝8种。珍宝药自身无分类，根据配伍来分。水类药物分为15种，有时令水、地域水、泥塘水、泉水、井水、河水、疾病水、雨水、碱水、气味水、臭水、药水、草木水、荫遮水、开水等。火类药物分为11种，有时令火、地域火、年龄火、威义火、药火、食火、运行火、佐火、疾病火、自然火、养育火等。作物种子类药物和加工类药物，即作物种子精华和糟粕类药物，分为自然和加工炮制两类。动物药物分为16类，有毛、角、牙、舌、骨、血、肉、脂、髓、脑、胆、脾、尿、粪、皮、翎等。
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