肠道细菌与免疫系统存在密切的关系，主要通过三条途径影响免疫：
在胃肠道表面定植并繁殖， 增殖，到一定数目后可以刺激免疫系统；
裂解后释放出来的抗原物质（包括脂多糖、肽聚糖和DNA 等大分子物质）
被人体吸收后直接刺激免疫系统；
通过影响胃肠道中菌群结构来间接影响免疫系统。
对于肠道菌群平衡，益生菌能起到重要作用；有机酸等则能够调节肠道结构，保障肠道物理屏障和化学屏障功能的正常发挥。而肠道免疫健全，则是肠道健康的“第三关”，对动物提高免疫能力，减少疾病至关重要。
一、免疫与肠道
我们对肠道免疫健全的了解，也要从肠道结构开始。肠粘膜表面将肠腔内环境与组织内无菌环境分隔开来，是防御系统的重要防线。肠腔内也有无害的抗原，如食物或共生菌群，这也是我们提及过的肠道结构屏障中的物理屏障和化学屏障的组成部分，这对肠道免疫健全也是非常重要的。
众所周知，肠道是机体最重要的免疫器官，它包含大量免疫细胞及免疫因子，如巨噬细胞、树突细胞、各种T细胞亚群，B细胞和分泌型IgA等，对入侵病原体产生免疫应答有重要作用。
二、炎症与免疫
除此之外，免疫系统还有一个重要特征：先天免疫系统会受到各种致病菌的挑战，产生炎症反应。肠道炎症是一种特别微妙的平衡，因为正常的生理炎性反应，即为共生肠道微生物的耐受性与对病原体入侵的反应性之间的平衡。当这种平衡被打破时，就可能发生急性炎症反应，称为病理性炎症，这种情况下导致动物生长速度减慢。因此，维持正常的生理炎性反应和限制其他炎症的诱因，是肠道健康的重要内容之一。
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