同时，我国还存在一些长期影响物流业发展的问题。其中，最主要的就是我国的物流成本居高不下。相关数据显示，我国全社会物流总费用与gdp的比率近年一直徘徊在18%左右,高于美、日、德9.5个百分点左右，高于全球平均水平约6.5个百分点。此外，我国物流市场竞争不够规范，部分企业诚信缺失，企业盈利能力偏弱，偏低的利润率将影响行业的可持续发展。物流企业要做大做强，实现跨国发展，就需要和生产制造企业、商贸流通企业联动发展，更多运用信息化手段、提供供应链一体化服务、企业加快兼并重组，促使行业更快更好地发展。
系统方法认为，系统的效益并不是它们各个局部环节效益的简单相加。系统方法意味着，对于出现的某一个方面的问题，要对全部的影响因素进行分析和评价。从这一思想出发，物流系统并不简单地追求在各个环节上各自的低成本，因为物流各环节的效益之间存在相互影响、相互制约的倾向，存在着交替易损的关系。比如过分强调包装材料的节约，就可能因其易于破损造成运输和装卸费用的上升。因此，系统方法强调要进行总成本分
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