信息系统可以说都是为了业务而服务的，MES管理系统和ERP管理系统各自解决一部分业务问题，分别反映出一部分业务流程。业务流程是MES系统与ERP系统资源整合的“粘合剂”，通过流程的整体优化划分出哪些流程在MES系统中处理、哪些流程在ERP系统中处理。
MES生产执行系统通过信息传递主要对生成订单到产品完成的整个生产过程进行管理优化。当生产现场发生实时异常时，MES管理系统能对此及时做出反馈、报告，并用当前的准确数据对它们进行指导和调整，这种对状态变化的高速响应使MES系统能够减少企业内部没有附加值的活动，有效地指导车间的生产运作过程，从而使其既能提高工厂及时交货能力，改善物料的流通性能，又能提高生产回报率。车间MES管理系统还通过双向的直接通讯在企业内部和整个产品供应链中提供有关产品行为的关键任务信息。
从管理范围、管理对象、管理内容、管理时效四个方面对MES系统和ERP系统的分工对比：
1、管理范围：ERP系统是对整个集团或企业业务的管理，而MES系统的管理是针对车间或生产分厂的。即使是功能较为完善的MES管理系统，对整个制造企业来说，也只是提供了一个有限的视角，缺乏管理层管理和决策所需要数据的宽度和深度。
2、管理对象：ERP系统是对企业整个运营资源（人、财、物）的管理，强调物流、资金流的统一，也就是的“业务财务一体化”。MES系统的管理则更集中于生产现场资源，即设备、工艺、物料等。
3、管理内容：ERP系统管理整个企业内部的价值链和供应链，即销售、采购、生产、库存、质量、财务、人力资源等，强调所有这些业务的整合，强调计划（销售计划、生产计划、采购计划等）的协调和控制；MES系统主要管理生产的执行，包括生产质量、生产作业调度、生产实绩反馈等。
4、管理时效：ERP系统对计划和业务管理的时间区段比较宽，以年、季、月、旬或周、日为单位;由于对生产现场管控的需要，MES系统的管理更加细致，管到日、班、小时。在ERP系统产生的长期计划指导下，MES根据底层控制系统采集的生产实时数据，进行短期生产作业的计划调度、监控、资源配置和生产过程的优化等工作。
不管MES还是ERP，都有自己的实现逻辑，在决定某个功能的“归属”时，一定要保证该功能在所选系统中实现逻辑的完整性。
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