生物质能当前面临的较大问题是难以集中利用，回收和运输的成本极高。我国生物质原料数量虽然巨大，但来源较为分散，与西方农场化耕作模式有较大差别，需建立一套科学合理的收集体系。
生物质燃料的原料主要是农林业废弃物，存在着季节性强、收集运输困难的问题。收集生物质能要打“游击战”，可以给农民发放机具，以便同时完成粮食收割和秸秆回收两道作业。在农村，生物质能源可以采用就近收集、就近使用、辐射周边的分散模式。
目前，秸秆等生物 质焚烧发电的锅炉及燃料输送系统的技术和设备均产自国外，国内尚无制造厂家，这成为制约我国发展生物质发电事业的关键因素。同时,由于国内外生产运输方式、工作习惯和文化的差异，对引进的技术和设备不能完全吸收及高效使用，使机组无法安全稳发、满发。另外，由于缺乏核心技术及备品配件,投产后的生物质发电企业很有可能将长时间受制于国外企业。从已建成的生物质发电厂来看，暴露出了资源收集和管理发面的矛盾和问题。而生物质发电的高成本，正是由于生物质资源的收集、运输和储存造成的。
生物质能是人类利用最早的能源之一。生物质能源主要是指直接或间接地利用自然界的有机物质生产的能源，其具有蕴藏量大、普遍性、易取性、挥发性高、炭活性高、易燃性等特点。在我国，生物质能的主要表现形式有：农业生产物及农林废物；生活垃圾；工业有机废物等。但我国生物质能利用起步晚、利用方式简单、效率低，因此，开发比较环保、高效燃烧技术对我国农村地区生活水平的提高以及环境的改善显有深远的意义。
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