虽然有机肥的成分种类较多，但是每种养分的含量相对较少，并且病菌较多。需要存放腐熟以杀灭病菌、并与化学肥料配合使用，效果更好。
随着科学技术的不断发展，通过有益菌群的人工筛选、分离、驯化培养技术，将有益菌群接入无害化处理后有机肥中，可以生产出多种多样不同品种的生物有机肥，它能改善土质、减少环境污染、增肥增效等。
有机农业中使用的有机肥需经过有机认证机构的认证，符合有机产品的生产标准。近些年来，我国各种生物肥料发展迅速，年产量达数十万吨以上。这些生物肥料以科技含量较高、增产效果明显和无公害为主要特点，它的生产、推广和应用对增进土壤肥力，提高农作物产量，改善农作物品质和切实推行农业可持续发展都有积极意义。 针对生物肥料在生产、产品质量和使用等方面存在的问题，本刊记者采访了江西农业大学高勇生教授，旨在提高农村广大群众对这类肥料的认识，更加正确、科学地使用这些肥料，以促进我国生物肥料的健康发展。
3 与农家肥:
区别:
1)生物有机肥完全腐熟，虫卵死亡率达到95%以上;农家肥堆放简单，虫卵死亡率低。
2)生物有机肥无臭;农家肥有恶臭。
3)生物有机肥施用方便，均匀;农家肥施用不方便，肥料施用不均匀。
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