杀菌液由进料泵通过电阻加热器、恒温管、冷却热交换器及杀菌消毒液冷却热交换器回流到进料泵，循环加热且消毒器具。杀菌液的温度由电阻加热器的电流进行调节控制，并由背压阀控制系统背压杀菌消毒结束后，杀菌液经由杀菌液冷却热交换器冷却后排放或另行收集。加热杀菌时，物料由进料泵送人电阻加热器，被加热至设定的杀菌温度后进入恒温管，然后进人冷却热交换器冷却，冷却物料进入无菌产品贮罐贮存或直接送至无菌包装机。
注入式超高温杀菌设备是将物料注人充满过热蒸汽的加热器中，由蒸汽瞬间加热到杀菌温度而完成杀菌过程。冷却方法与蒸汽喷射式相似，也是在真空罐中通过膨胀来实现的。电阻式加热超高温杀菌是借助大部分配制食品含有适度溶解的盐离子的游离水分，具有较好的导电性原理，根据欧姆定律，将电流通过连续流动的物料通道即可对物料进行加热，其加热范围与食品导电率均匀性和食品在电阻加热器中停留时间有关。这种直接加热的超高温杀菌系统称电阻加热系统。
杀菌锅加热介质的传热效率最常用的加热介质是水和蒸汽。二者的传热系数虽然在理论，100℃时水为58.7，过热水蒸气为213，但实际操作中却没有显著差别。空气导热能力最差，它常存在于包装容器的周围，形成绝热层，严重影响杀菌效果，因此，在使用杀菌机械设备时，排气至关重要；包装容器的大小与放置方法同样内容物和同一杀菌温度下，包装容器的大小不同，其中心部分达到要求的杀菌温度和时间必然不同，小者快，大者慢。
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