主要从控温精度和热分布均匀性上进行选择，若产品要求温度很严格，尤其是出口产品，因为要求热分布很均匀，所以应尽量选择电脑全自动杀菌锅。电脑半自动杀菌锅温度控制、压力控制与电脑全自动相同，但是价格却是电脑全自动的1/3。一般要求可以选择电气半自动杀菌锅。手动杀菌锅杀菌难度高，控温和控压等都由人工完成，食品外观很难掌握，涨罐（袋）和破碎率高。
从杀菌方式上分有三种： 立式杀菌锅 1、 热水循环式杀菌：杀菌时锅内食品全部被热水浸泡，这种方式热分布比较均匀。
2、蒸汽式杀菌：食品装到锅里后不是先加水，而是直接进蒸汽升温，由于在杀菌过程中锅内存在空气会出现冷点，所以这种方式热分布不是最均匀。
3、淋水式杀菌：这种方式是采用喷嘴或喷淋管将热水喷到食品上，杀菌过程是通过装设在杀菌锅内两侧或顶部的喷嘴中，喷射出雾状的波浪型热水至食品表面，所以不但温度均匀无死角，而且升温和冷却速度迅速，能快速、稳定的对锅内产品进行杀菌，特别适合软包装食品的杀菌。
杀菌锅装设有安全阀、压力表、温度计等附件，要保持安全，齐全、灵敏、可靠。在使用过程中应加维护与定期校验。本设备的安全阀启跳压力等于设计压力，应保持灵敏、可靠，应防止随意调整。压力表、温度计精度等级均为1.5级，公差允许内的差异是正常的。无铅封压力表不得使用，压力表指示失灵，刻度不清，表盘破裂，泄压后指针不回零位，铅封损坏等情况均应立即更换。温度计应进行定期检验，使用前应以标准温度计校验正，以后每年核正一次。
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