用户应根据本单位的生产工艺杀菌条件和本杀菌锅的技术性能制订杀菌锅安全操作规程，并严格执行。杀菌锅安全操作规程至少应包括：
（1）杀菌锅的操作工艺指标及较高工作压力，较高工作温度。
（2）杀菌锅的操作方法与程序和注意事项。
（3）生产运行中应重点检查项目和部位，以及运行中可能出现的异常现象和防止措施。
（4）设备停用时的保养方法。
主要从控温精度和热分布均匀性上进行选择，若产品要求温度很严格，尤其是出口产品，因为要求热分布很均匀，所以应尽量选择电脑全自动杀菌锅。电脑半自动杀菌锅温度控制、压力控制与电脑全自动相同，但是价格却是电脑全自动的1/3。一般要求可以选择电气半自动杀菌锅。手动杀菌锅杀菌难度高，控温和控压等都由人工完成，食品外观很难掌握，涨罐（袋）和破碎率高。
从杀菌方式上分有三种： 立式杀菌锅 1、 热水循环式杀菌：杀菌时锅内食品全部被热水浸泡，这种方式热分布比较均匀。
2、蒸汽式杀菌：食品装到锅里后不是先加水，而是直接进蒸汽升温，由于在杀菌过程中锅内存在空气会出现冷点，所以这种方式热分布不是最均匀。
3、淋水式杀菌：这种方式是采用喷嘴或喷淋管将热水喷到食品上，杀菌过程是通过装设在杀菌锅内两侧或顶部的喷嘴中，喷射出雾状的波浪型热水至食品表面，所以不但温度均匀无死角，而且升温和冷却速度迅速，能快速、稳定的对锅内产品进行杀菌，特别适合软包装食品的杀菌。
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