不论是工业净化厂房装修，还是生物洁净室装修，在计算出各室空调负荷、送风量、回风量、排风量、新风量之后，就需进行空调系统的划分，以满足生产工艺及相关规范的要求。净化车间装修空调系统可按照以下几点进行划分：
1.按使用时间划分
任何一个生产工艺，每个生产环节并非同时工作，尽可能将工作时间相同的洁净室放在一个系统（这些洁净室的位置相对集中），在非工作时间，该系统可以停止运行，以利节能。
2.按洁净室内热湿比划分
尽可能将热、湿比相近的洁净净化车间划分为一个系统，避免出现温湿度偏差太大的缺陷有利于简化系统，省去洁净室末端的冷却或再热的设施。
3.按温湿度条件划分
将温湿度要求相同或相近的洁净室构成一个系统，使系统简化，利于节能。
4.按排风情况划分
将要求排风或排风量大的洁净室划为一个系统，有利于系统的设计。
5.按洁净度级别划分
将洁净度级别100级（209E）及高于100级的洁净室划为一个系统，把低于100级的洁净室划于一个系统，利于温湿度控制。
这里所讲的系统划分，是针对大的洁净车间，如果净化厂房车间较小，只要行业规范允许使用一个系统，就不必划分，以利于节约机房面积。一般以4万m3/h送风量为限来划分为好。
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