1、受理申请方的申请
申请认定的组织首先要综合考虑各认定机构的权威性、信誉和费用等方面的因素，然后选择合适的认定机构，并与其取得联系，提出环境管理体系认定申请。认定机构接到申请方的正式申请书之后，将对申请方的申请文件进行初步的审查，如果符合申请要求，与其签订管理体系审核/注册合同，确定受理其申请。
2、环境管理体系审核
在整个认定过程中，对申请方的环境管理体系的审核是最关键的环节。认定机构正式受理申请方的申请之后，迅速组成一个审核小组，并任命一个审核组长，审核组中至少有一名具有该审核范围专业项目种类的专业审核人员或技术专家，协助审核组进行审核工作。
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