对于旷工一天扣三天工资，企业法律顾问建议员工手册中不要这么规定。虽然对于这么规定是否合法，目前实践中存在两种不同的意见。但是，认为旷工一天扣三天工资不合法的观点是目前实务中的主流观点。从较多司法判决中就可看出。
另外，“旷工一天，扣三天工资”对于企业的法律风险，并不仅仅限于返还多扣的两天工资那么简单。员工如果善于运用法律，企业可能面临更大的风险。劳动合同法第38条规定，商法通律师建议用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：
第二条：未及时足额支付劳动报酬的；
第四条：用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的。
第46条规定，有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：
第一条：劳动者依照本法第38条规定解除劳动合同的。如果员工在公司按照“旷工一天扣三天工资”的规定实际扣除了相应工资后，以公司存在克扣工资行为及规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益为由提出“被迫”解除劳动合同，这时公司将面临着向员工支付解除劳动合同的经济补偿金的法律风险。
所以建议企业：
（1）不要在员工手册中规定“旷工一天扣三天工资”，而是在实际操作中将旷工行为与绩效工资挂钩。比如，从月薪中扣除旷工天数相对应的工资、全勤奖为零，绩效工资按比例发放。
（2）可以通过在员工手册中规定连续旷工三天或一年内累计旷工达到多少天，公司可以解除劳动合同的方式约束员工的旷工行为。
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