税务机关在对稽核比对结果为重号的海关缴款书核查时税务代理，可通过审核企业外汇付汇信息税务代理、进口合同信息等资料对企业海关缴款书票面信息与纳税人实际进口货物业务一致性和真实性进行确认税务代理。
通知强调税务代理，海关缴款书核查相关工作严格按照《国家税务总局海关总署关于实行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法的公告》（税务总局公告2013年第31号）和《国家税务总局海关总署关于实行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法有关事项的通知》（税总发〔2013〕76号）执行。
在新功能正式启用后税务代理，未完结的核查工作仍按原有纸质方式回函税务代理。新的核查工作任务，应通过核查系统实施，如遇特殊情况税务代理，可采取原有模式进行特别处理，并对未使用核查系统开展核查工作的特殊情况做出文字说明存档备查。
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