1、选择性加热。因为水分子对微波吸收，所以含水量高的部份吸收微波功率多于含水量较低的部份。这就是选择性加热的特点，利用这一特点可以做到均匀加热和均匀灭菌的目的。
2、节能。微波是直接对物料进行作用，因而没有额外的热能损失，炉内的空气与相应的容器都不会发热，所以热效率极高，生产环境也明显改善，与远红外加热相比可节电30%。
3、时间短，效率高。微波加热灭菌是使被加热物体本身成为发热体，不需要热传导的过程。微波从四面八方穿透物体内部里外同时使物体在很短时间内达到均匀加热灭菌，大大缩短了干燥灭菌时间，从而更能提高产量。
4、易于控制，工艺。与常规方法比较,设备即开即用；没有热惯性，操作灵活方便；微波功率可调，传输速度可调。在微波加热干燥灭菌中，无废水、废气、废渣，是一种安全无害的技术。
5、灭菌效果好。实践证明，利用微波灭菌一般在70℃就可全部灭死大肠杆菌，在80～90℃细菌总数大大降低，时间只需2～8分钟。速度快，时间短，因此保留食品中的营养成份、传统风味。
6、延长保质期。经微波灭菌处理的物料，可延长半年保质期，对提高产品质量及延长储存周期有的效果。
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