动物无害化处理设备的使用主要是对动物进行无害化处理，相关的处理原则一定要明确，这样才能保障设备的使用获得最佳的影响效果，需要了解清楚才行。
在病死禽畜无害化处理的时候，发现病死禽畜，立即诊断，疑似为传染病时，对被污染的场地及病、死猪的排泄物要进行彻底消毒。硬化场地的消毒可使用氢氧化钠、石灰乳等，没有硬化的地面，暂时停用，深翻后，浇洒石灰乳或漂白粉。排泄物深埋烧毁或发酵消毒。疑似为传染病、寄生虫病的猪，如有治疗价值或治愈希望，及时将其隔离，用专人饲养，不得随意出人。
此外，没有治愈希望、没有治疗价值，且不经肉感染人或不感染人的病猪，进行急宰，肉及内脏经高温蒸煮后再利用，死亡猪或经肉能感染人的病猪应深埋或焚烧，使用动物无害化处理设备处理。
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