我国是传统的农业大国，养殖业正向规模化、集约化快速发展，同时产生了大量畜禽粪便。据估算，2009年我国畜禽养殖业粪便产生总量为32.64×108ｔ鲜重。目前，畜禽粪便主要靠耕地消纳，但畜禽粪便施用太多会导致耕地负荷粪便过载，造成土壤污染和作物减产。欧盟农业政策规定，粪肥年施氮（Ｎ）量的限量标准为170 kg／hm2。朱兆良等提出我国耕地的粪便年施氮（Ｎ）量应控制在150～180 kg／hm2 。杨飞等研究表明，2009年我国平均单位耕地面积的畜禽粪便氮负荷达138.13 kg／hm2 ，而四川等六省都已达到202.98 kg／hm2 以上。可知我国畜禽粪便产量存在区域差异，部分地区产量过大。因此畜禽粪便若无法得到有效处理，会严重影响环境卫生及制约我国经济发展。
1. 对水体的污染
畜禽粪便含氮、磷及有机质，如果直接排放入水体中或施用后氮、磷流失，使水体富营养化。Edwards 等研究表明，粪便随雨水流失的流失物化学需氧量（COD）及悬浮固体（TSS）均比无机肥料高。粪便中的大量病菌、寄生虫及其虫卵会污染水源，引发传染病。养殖场排放的污水平均每毫升含有33万个大肠杆菌和69万个大肠球菌；每1000 ml 沉淀池污水中含有190多个蛔虫卵和100多个线虫卵。
2. 对空气的污染
畜禽粪便能产生大量具有恶臭气味的气体，对空气产生严重污染，进而影响人类健康。这些恶臭气体种类繁多，目前已确定的约有168种。一般按化学性质分为4类，即含硫化合物、含氮化合物、挥发性脂肪酸及芳香族物质。恶臭气体会影响养殖场附近居民的身体健康。Avery 等研究发现臭气能抑制人的粘膜免疫功能，使唾液中的免疫球蛋白Ａ的含量及其分泌效率都降低。
3.对土壤的污染
畜禽粪便是良好的有机肥料，被微生物分解后为土壤提供大量的腐殖质，改良土壤结构和肥力。但是粪便施用过多时，使土壤盐分增加，土壤结块，不利于作物生长。饲料中的抗生素可随粪便残留到土壤中。Xu 等研究表明，长期施用猪粪的土壤会残留抗生素和增加抗生素抗性，且施用时间越长残留量越大。研究表明，我国农田土壤中69％的Cu，51％的Zn 来自于畜禽粪便。畜禽粪便已成为土壤重金属污染的重要来源。
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