装机、刷瓶机以及冲瓶机安装好之后，将灌装轨道、接瓶盘调成水平，储液桶内盛满物料，所有电器开关处于关闭位置。灌装的容器插入工装盒内，接通外接电源，电源插座必须是三脚插座，并有可靠接地线，防止万一机壳漏电伤人，将机器电源开关拨到ON，电源指示灯亮。装架支撑板将灌装架顶住，用手指向上顶动灌装头上的定位套，定位套应能灵活上下移动，其中的灌装针露出或缩回进无阻碍。
由于培养基的特性与药液有差异，培养基过滤的滤器型号可与产品使用的过滤器不同。培养基可能因含有颗粒或生物负载较大，导致过滤器的堵塞，这种情况下可增加预过滤以避免堵塞。值得注意的是除过滤的可靠性是通过专门的过滤挑战实验验证的，无法通过培养基模拟灌装试验的结果证实。如采用过滤的方式准备培养基将方便同生产工艺衔接，但过滤器堵塞的情况时有发生，支原体污染的风险也难避免，所以应对以上情况进行风险评估并采取合理应对。
储液罐、分液器、陶瓷泵及针架的安装位置，缓冲罐的安装位置相对于陶瓷泵的安装位置高度差过大，陶瓷泵受到药液的压力太大，容易导致灌针滴液。解决办法：尽量减少各元器件安装位置的高度差，如不能减少，在缓冲罐与泵之间再增加一个缓冲装置。硅胶管与分液器及陶瓷泵的各个联接没有拧紧也会产生气泡或滴漏；解决办法：每次开机之前增加一次检查，如有上述情况，立即更换连接头或硅胶管。
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