1.废水处理设备建设及运行费用
一般是以以水处理的水质可以达到水质标准为前提条件下，应该考虑废水处理设备的建设与运行费用。在此前提下，工程建设以及运行费用低的工艺流程应得到重视。此外，减少占地面积也是降低建设费用的重要措施；
2.需要处理的废水水质
不同的实验室所生产出的废水水质是不同的，需要采用不同的处理工艺来进行处理。通常可以使用物理法，化学法，生物法等。其中在采用好氧生物处理工艺时，需要注意废水的可生化性，通常时要求BOD5/COD≥0.3，当该数值无法满足要求，可考虑进行厌氧生物水解酸化进行处理，以来提高废水的生化性，或者考虑其他方法，如：物理法或化学法等；
3.需要处理的废水处理量
需要根据废水量的大小来进行选择。对于水量较大大或者变化较大的废水，应先考虑采用抗冲击负荷能力强的工艺，或者考虑设立调节池等缓冲设备，以减少不利的影响；
4.废水处理地的自然社会环境
需要根据当地的地形，气候等自然条件也对废水处理流程的选择具有一定影响，若当地气候寒冷，则应采取适当的技术措施后，使其在低温季节也能正常运行，并保证取得达标水质的工艺。
5.存在的废水二次污染问题
针对不同的实验室所产生的废水，在处理的过程中应注意是否会造成二次污染的问题。比如制药废水中含有大量的有机物质（如苯、甲苯、等），在处理的过程中也会含有有机废气排出，对周围的大气环境造成影响；
6.废水处理标准
在通常情况下，废水处理标准要求取决于废水的水质特征，处理后水的去向。目前废水处理的程度主要是依据国家的有关法律制度及技术政策的要求，通常环境管理部门是根据《污水综合排放标准》及相关的行业排放标准来控制废水的排放浓度，而一些经济发展较高的地区还规定了更为严格的地方排放标准。
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