无菌室空气净化工程是属于生物净化工程的一种，一般无菌室要求的洁净度为万级，标准的微生物检测实验室都会专门开辟5~8个平方出来建造无菌室。无菌室应设有无菌操作间和缓冲间，无菌操作间洁净度应达到10000级，室内温度保持在20-24℃，湿度保持在45-60%。超净台洁净度应达到100级。无菌室应保持清洁，严禁堆放杂物，以防污染。无菌室应定期用适宜的消毒液灭菌清洁，以保证无菌室的洁净度符合要求。无菌室使用前必须打开无菌室的紫外灯辐照灭菌30分钟以上，并且同时打开超净台进行吹风。操作完毕，应及时清理无菌室，再用紫外灯辐照灭菌20分钟。无菌室应每月检查菌落数。在超净工作台开启的状态下，取内径90mm的无菌培养皿若干，无菌操作分别注入融化并冷却至约45℃的营养琼脂培养基约15ml，放至凝固后，倒置于30～35℃培养箱培养48小时，证明无菌后，取平板3～5个，分别放置工作位置的左中右等处，开盖暴露30分钟后，倒置于30～35℃培养箱培养48小时，取出检查。100级洁净区平板杂菌数平均不得超过1个菌落，10000级洁净室平均不得超过3个菌落。如超过限度，应对无菌室进行彻底消毒，直至重复检查合乎要求为止。
洁净空间的温湿度主要是根据工艺要求来确定的，在满足工艺要求的条件下，应考虑人的舒适感；温度对生产工艺的影响，主要是从产品精度和合格率来考虑的，另一方面也从污染角度考虑，因为温度升高后，会引起人出汗，汗水会对产品产生污染。湿度过高产生的问题也很多，如相对湿度超过55%以后，冷却水管壁面上会结露，如果发生在精密装置或电路中，就会引起各种事故，相对湿度在50%时易生锈。
为了保证洁净室内的环境符合生产要求，对室内一切设施、工装、工具、物品必须制定相关规定并检查确认，室内所有物品数量都应限制在最少的限度，并对物品的放置做出规定，尽量减少空气乱流，洁净室使用物品应先进行除尘处理，易产尘的物品不能带入洁净室内，净化房卫生定期清扫；对洁净室的洁净度、温度、湿度要进行监控、测试，及时进行调整超标参数。
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