离心机工作时是高速运转，安全使用时必须做到以下几点：
离心机工作前，应将负荷平衡，重量误差减小，否则会引起剧烈震动，损坏离心转头及转轴。离心机使用时要放置在平稳、坚固的台面上（离心机的底座都装有橡胶吸脚，借助于大气压力及仪器本身的重量，紧贴于台面）；大容量低速离心机和高速冷冻离心机要相应地安放在坚实的地面上，水平放置。超速离心机重达数百公斤，应放在很坚实的地面上并有防尘、防潮设备并保证离心室达到一定的真空度，使超速离心机正常运行。
在高转速挡或高G值档禁止直接启动。离心机启动时，离心机报价转速开关或G值旋钮应放在低档位，启动后再逐步调节到所需要的数值。一次工作后，须将旋纽调至低档位。离心器分离支架必须在安置离心管后运转，严禁空架运转。
选择合适的转头，控制离心机转头的转速。在下述情况下要降低转头的最高转速：转头的运转时间和运转次数达到规定的寿命时；当转头受到局部表面损伤或出现管孔内轻微腐蚀时；使用不锈钢离心管、套管、厚壁管或离心瓶时；样品平均密度超过1.2g／cm3时；转头受到高温时。
转头在每次使用前要严格检查孔内是否有异物和污垢，以保持平衡。转头必须保持干燥清洁，切勿碰撞擦伤。如不慎跌落，应对转头进行X光拍片检查，确认无内部损伤后方可继续使用。转头每次使用后应用温水（50℃～60℃）及中性洗涤剂浸泡清洗，最后用蒸馏水或去离子水冲洗，软布擦干后用电吹风烘干、上蜡，干燥保存。
选用合适的离心管。各种离心管的拉力强度和伸长度都不同，应按需要选用，求购离心机离心管可由许多种不同材料制成，如聚乙烯、纤维素、聚碳酸脂、聚丙烯等。使用时注意保证样品、溶剂及梯度材料不腐蚀离心管及盖组件。过期、老化、有裂纹或已受腐蚀的离心管尽量不用或降速使用。控制塑料离心管的使用次数，注意规格配套。离心过程中不得开启离心室盖，不得用手或异物碰撞正在旋转中的转头及离心管。
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