目前制备制药用纯化水设备工艺是以下三种，其余的工艺流程大都是在以上三种基本工艺流程的基础上进行不同组合搭配衍生而来。优缺点分别为：
1、第一种采用离子交换树脂其优点在于初投资少，占用的地方少，但缺点就是需要经常进行离子再生，耗费大量酸碱，而且对环境有一定的破坏。
2、第二种采用反渗透作为预处理再配上离子交换设备，其特点为初投次比采用离子交换树脂方式要高，但离子设备再生周期相对要长，耗费的酸碱比单纯采用离子树脂的方式要少很多。但对环境还是有一定的破坏性。
3、第三种采用反渗透作预处理再配上电去离子(EDI)装置，这是目前制取超纯水最经济，最环保用来制取超纯水的工艺，不需要用酸碱进行再生便可连续制取超纯水，对环境没什么破坏性。其缺点在于初投资相对以上两种方式过于昂贵。
药厂纯化水设备制水标准很高，可以达到15兆欧以上，符合药厂用水要求。为了确保整套系统制水安全性，设置了重重关卡，而且在用水点还会设有紫外线杀菌器，杀菌率可以接近百分之百。
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