麻石除尘器运行前，应先开引风机，再向供水系统供水，停炉时，应在关闭引风机前停止向系统供水。运行中，筒体不允许断水，定期检查溢流槽是否畅通，同时要经常观测烟温情况及烟气阻力情况。
此外，可以尽量采用含碱性废水或锅炉冲渣水中和沉淀池中含酸性废水，经废碱水中和后的废水沉淀过滤后，可循环使用。要定期检查中和池中的情况，定期检查含碱性水的情况（一般来讲碱性水的ph值要大于9，每天12小时要测试3~4次，并控制好清水池的ph值）。
麻石除尘器中烟气与脱硫液中的碱性脱硫剂在雾化区内充分接触反应，完成烟气的脱硫吸收和进一步除尘。经脱硫后的烟气向上通过塔侧的烟道进入脱硫付塔，然后从付塔底部由引风机进入烟囱排放。
脱硫液采用外循环吸收方式。吸收了SO2的脱硫液流入再生池，与新来的石灰水进行再生反应，反应后的浆液流入沉淀再生池沉淀，当一个沉淀再生池沉淀物集满时，浆液切换流入到另一个沉淀再生池，然后由人工清理这个再生池沉淀的沉渣，废渣晾干后外运处理。循环池内经再生和沉淀后的上液体由循环泵打入脱硫塔循环使用。另外，由于渣带水会使脱硫液损失一部分钠离子，故需在循环池内补充少量纯碱或废碱液。
麻石除尘器属于湿式除尘设备，如麻石除尘器长时间停止运行或运行时上部水槽出现泛水现象，则应水槽提供清洁水源冲刷一小时左右，以便清除水槽内的积灰。
将除尘循环水配制成碱性液，即可同时实现除尘和脱硫的功能，此点优于干式除尘设备。目前改进型的麻石水膜脱硫除尘器，加快锅炉尾气进入除尘器时的速度和湿度；增加了旋流柱和旋流板，加快了筒体内气体旋转速度的离心作用；增加了副塔结构，降低尾气湿度，提高脱硫除尘效率，减少尾气对引风机的腐蚀。
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